以前書いた時点ではどうにもならなかったけど解決。
よーく、注意書きを読み直しました。
解決法
V3系のプラグインをインストールした場合
１：V2系のプラグインを１つどれでもいいので「アンインストール」
２：「１」でアンインストールしたV2のプラグインを再インストール
もし複数のV2のプラグインをインストールしていてバージョンが全て最新版でない場合は全て再インストール（この場合は上書きインストールでいけるはず）
３：V3、V2両方使える
注意事項
サービス FluxA.exe, FluxB.exe を切っていると動作しません。
巷ではこの２つのプロセスはセキュリティサイトではマルウェア判定だ、という記事を見ますが
ググった限りではそのような正確なソースは見つけられませんでした。
検索結果 （ゆるめの検索オプション）
検索結果 （ピンポイント検索）
ソースがあれば教えて下さい。
というか、Flux自身が図のようにやってくれと言っておいてウイルスばらまいてたら偉い惨事なわけで。国内ディーラーのMIさんも販売どころではないですよね。