新PCでそこまでEclipse Junoをいじっていなかったので気づかなかったが、
タブ移動時に一瞬画面全体が黒くチラつく現象に気づく。
なんか気持ち悪いので以下の対応で解決。
１：ビデオドライバを最新にした
自分のPCはNVIDIA系のチップ（GT640）なのでNVIDIAからDL。
２：Windowsの視覚パフォーマンスを調整した
具体的には、システムの詳細設定からパフォーマンスオプションで
「デスクトップコンポジションを有効にする」をOFF。
これで直った。
タイトルバーやタスクバーが半透明にならなくなるけど
正直作業に集中し始めたらそんな所、気にならないし、
半透明になってないと不利な点ってないはず。
もしくはEclipse Juno ではなく１つ前の Indigo (3.7) の方が良いかも。
会社のマシン（RADEON）でもEclipse Juno を試したら同じ症状が発生した。（3.7だと無問題）